Pada era pemerintahannya yang singkat ia berhasil memberikan landasan kukuh bagi Indonesia, pada eranya dilahirkan UU anti monopoli atau UU persaingan sehat, perubahan UU partai politik dan yang paling penting adalah UU otonomi daerah. Melalui penerapan UU otonomi daerah inilah gejolak disintegrasi yang diwarisi sejak era orde baru berhasil diredam dan akhirnya dituntaskan di era presiden Susilo Bambang Yudhoyono tanpa adanya UU otonomi daerah bisa dipastikan Indonesia akan mengalami nasib sama seperti Uni Soviet dan Yugoslavia.
Pengangkatan B.J. Habibie sebagai presiden menimbulkan berbagai macam kontroversi bagi masyarakat Indonesia. Pihak yang pro menganggap pengangkatan Habibie sudah konstitusional.
Hal itu sesuai dengan ketentuan pasal 8 UUD 1945 yang menyebutkan bahwa "bila presiden mangkat, berhenti, atau tidak dapat melakukan kewajibannya dalam masa jabatannya, ia diganti oleh wakil presiden sampai habis waktunya".
Sedangkan pihak yang kontra menganggap bahwa pengangkatan B.J. Habibie dianggap tidak konstitusional. Hal ini bertentangan dengan ketentuan pasal 9 UUD 1945 yang menyebutkan bahwa "sebelum presiden memangku jabatan maka presiden harus mengucapkan sumpah atau janji di depan mpr atau dpr". Berikut karir panjang habibie
Karir pekerjaan
- Direktur utama PT Perindustrian Angkatan Darat (Pindad)
- Ketua Badan Pengkajian Dan Penerapan Teknologi (BPPT)
- Ketua Dewan Pembina Industri Strategis (BPIS)
- Ketua Badan Pengelola Industri Strategis (BPIS)
- Ketua Dewan Riset Nasional (1999)
- Ketua Otorita Pengembangan Daerah Industri Pulau Batam
- Anggota Dewan Komisaris Pertamina
- Asisten Riset Ilmu Pengetahuan Institut Kontruksi Ringan Rheinsich Westfaelische Technische Hochshule, Aachen, Jerman Barat (1960-1965)
- Kepala Departemen Riset Dan Pengembangan Analisa Struktur, Hamburg, Jerman Barat (1966-1969)
- Kepala Divisi Metode Dan Teknologi Pesawat Komersil/Pesawat Militer Messerschmidt Boelkow Blohm (MBB) GMBH, Hamburg, Jerman Barat (1969-1973)
- Wakil Presiden/Direktur Teknologi Messerschmidt Boelkow Blohm (MBB), Hamburg, Jerman Barat (1974-1978)
- Penasihat Direktur Utama (Dirut) Pertamina (1974-1978)
- Direktur Utama PT Industri Pesawat Terbang Nusantara (IPTN), Bandung (1976)
- Direktur Utama PT Pelayaran Armada Laut (PAL), Surabaya (1978)
- Profesor kehormatan/guru besar dalam bidang konstruksi pesawat terbang Institut Teknologi Bandung (ITB), Bandung (1997)
Karir pemerintahan
- Menteri Negara Riset dan Teknologi Kabinet Pembangunan V (1983-1988)
- Menteri Negara Riset dan Teknologi Kabinet Pembangunan VI (1988-1993)
- Menteri Negara Riset dan Teknologi Kabinet Pembangunan VII (1993-1998)
- Ketua Tim Keputusan Presiden (Keppres) 35
- Wakil Presiden RI ke-7 (1998-1998)
- Presiden RI ke-3 (1998-1999)
Karir legislatif
- Anggota MPR dari Karya Pembangunan (Golkar) (1992-1997)
Karir kepresidenan
- Dilantik tanggal 21 Mei 1998
(Ri)